Qarabag FK është një klub me 68 vite histori, por natyrisht në Bashkimin Sovjetik nuk mund të luante ndonjë rol të rëndësishëm. Pas pavarësisë së Azerbajxhanit, Qarabag ishte një ndër ekipet themelues të ligës dhe ka marrë pjesë në çdo kampionat të elitës, ashtu si Neftchi. Ndonëse i përket qytetit Agdam, i njohur si "Hiroshima e Kaukazit" për shkak të shkatërrimit nga lufta në Nagorno-Karabakh, Qarabag nuk luan aty prej 1993 dhe është spostuar në Baku.
Titullin e parë kampion Qarabag e fitoi në 1993, por më pas errësirë totale, deri në shekullin e ri. Nga 2005 e tutje filloi ngritja graduale, me dy kupa ta fituara në 2006 e 2009. Në 2009/2010 erdhi goditja e parë e madhe në kupat e Europës, sepse Qarabag kaloi për herë të parë në historinë e vet dy ture, duke eliminuar Rosenborg e Haka, para se të ndalej në play-off nga Twente.
Ishte shkëndija që ndezi zjarrin e suksesve të mëdha të Qarabag, që në dekadën aktuale ka bërë histori, pak a shumë si Skënderbeu në futbollin shqiptar.
Qarabag ka fituar çdo titull në Azerbajxhan prej vitit 2013 dhe prej vitit 2008 drejtohet nga Gurban Gurbanov, i cili prej vitit 2017 drejton edhe kombëtaren e Azerbajxhanit.
Qarabag ka luajtur 30 ndeshje në Champions League, me 11 fitore, 11 barazime e 8 humbje. Në renditjen e UEFA-s Qarabag është në vendin e 65-të, me keoficient 19.000, duke lënë pas edhe emra si Galatasaray.
Në dekadën e fundit rritja e Qarabag ka qenë e jashtëzakonshme, duke ecur gjithnjë e më larg nga viti në vit, derisa në 2014/15 u realizua ëndrra e parë, pjesëmarrja në grupet e Europa League.
Edhe në dy sezonet pasues Qarabag mori pjesë në grupet e Europa League, ndërsa në sezonin 2017-18 Qarabag rishkroi historinë, duke marrë pjesë në grupet e Champions League.
Legjenda e Qarabag është qendërmbrojtësi Rashad Sadygov, 37 vjeç dhe ende ndër lojtarët më të rëndësishëm në ekip, ashtu si mbrojtësi i djathtë Maksim Medvedev, 29 vjeç dhe 285 ndeshje me Qarabag.
Po ashtu, qendërmbrojtësi Badavi Huseynov ka luajtur 152 ndeshje me Qarabag, ndërkohë që spanjollët Michel dhe Dani Quintana janë kthyer në yje të klubit, pasi luajnë prej vitesh dhe janë shumë të rëndësishëm për Qarabag.
Këtë sezon ka mahnitur sulmuesi 21-vjeçar Mahir Emreli (Madatov), autor i 16 golave në 27 ndeshje kampionati, por ka shkëlqyer edhe mesfushori kroat Filip Ozobic, i marrë nga Gabala në fillim të sezonit të sapombyllur.
