Kur më 18 janar 2016, Berat Gjimshiti firmosi një kontratë tre-vjeçare e gjysmë me skuadrën e Serie A Atalanta, duke marrë numrin 55 për pjesën e dytë të sezonit 2015–16 kurre nuk e kishte menduar se do te arrinte ne piken per t’u bere lider dhe i pazevendesueshem dhe gjithashtu nje nder pikat me te forta te ekipit bergamask, ashtu si edhe kapiten ne kombetaren e Shqiperise!
Berati, qe u transferua nga Zurich ne Bergamo, debutoi më 3 maj 2016 kundër Napolit në një humbje 2–1. Por, nuk ishte fushe me lule. Ne fakt, më 31 gusht 2016, Gjimshiti u huazua te skuadra e Serie B Avellino për të fituar më shumë minutazh për të luajtur.
Dhe nga aty erdhi me pas nje tjeter huazim, kur 8 korrik 2017, mbrojtesi u transferua në huazim te skuadra e re e promovuar në Serie A, Benevento, deri në fund të sezonit, me opsion blerjeje.
Benevento nuk ushtroi te drejten e blerjes dhe Gjimshiti u kthye te Atalanta përpara sezonit 2018–19, duke luajtur ndeshjen e tij të parë më 20 gusht në fitoren 4–0 kundër Frosinone.
Ai shënoi golin e tij të parë për Atalantan më 11 nëntor te vitit 2018, duke shënuar golin e tretë të skuadrës së tij në një fitore 4–1 në shtëpi ndaj Interit, e cila i dha fund serisë së fitoreve prej gjashtë ndeshjesh të vizitorëve. Që nga kthimi nga dy periudhat e huazimit, Gjimmshiti është vendosur si një mbrojtës kryesor nën drejtimin e Gian Piero Gasperini.
Më 17 shkurt 2022, Djimsiti shënoi një dygolësh në ndeshjen e parë të play-off-it të raundit eliminator të UEFA Europa League 2021–22 kundër Olympiacos, të cilin Atalanta e fitoi 2–1.
Por, lavdia e madhe e tij erdhi me fitimin e Europa League sezonin e shkuar, ne finalen perballe Leverkusenit te Xabi Alonsos. Nga aty pjesemarrja e pare ne nje kampionat Europian me Shqiperine, nje mundesi qe ne 2016 e humbi jo per faj te tij per listes se zgjedhur nga De Biasi.
Sakaq, sonte ka ardhur nje tjeter gezim, hera e pare e tij qe shenon ne Champions League. E beri si nje bomber zone, ndaj Shakahtar Donetsk. Nje here e pare e tij qe u ndoq nga hera e pare edhe e Lookman ne Champions dhe hera e pare gjithashtu e Bellanova ne Champions…
